针对您父亲去世后农村宅基地及房屋的继承问题，特别是儿子是非农户且与父亲不在同一户口本的情况，我们可以从以下法律依据来分析。
《中华人民共和国民法典》第一千一百二十二条规定：“遗产是自然人死亡时遗留的个人合法财产。依照法律规定或者根据其性质不得继承的遗产，不得继承。” 农村宅基地的所有权属于村集体，农户享有的是宅基地的使用权，该使用权具有身份属性，一般仅限本集体经济组织成员享有。因此，宅基地使用权本身不得作为遗产继承，这就是“依照法律规定或者根据其性质不得继承的遗产”。
然而，《中华人民共和国民法典》第三百五十七条规定：“建筑物、构筑物及其附属设施转让、互换、出资或者赠与的，该建筑物、构筑物及其附属设施占用范围内的建设用地使用权一并处分。”（“地随房走”原则的体现）。同时，《中华人民共和国土地管理法》第六十二条规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地。但对于继承房屋而言，虽然儿子是非农户，但其继承房屋后，基于“地随房走”的原则，自然获得了房屋占用范围内宅基地的继续使用权。因此，您儿子作为非农户，对父亲遗留的农村房屋享有明确的继承权，并基于此享有对该房屋所占用宅基地的继续使用权，但无权单独继承宅基地使用权本身。
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您问的父亲去世后，农村宅基地及地上房子的继承问题，儿子是非农户且与父亲不在同一户口本，这种情况下，农村宅基地的使用权本身不能继承，但宅基地上的房屋作为父亲的合法遗产，儿子即使是非农户也有权继承。以下分不同情况详细说明：
1. 关于宅基地上的房屋：无论儿子是否为农户、是否与父亲在同一户口本，房屋作为父亲的个人合法财产，儿子作为法定第一顺序继承人，均享有继承权。
2. 关于宅基地的使用权：
- 如果或若存在房屋已建成且结构完好的情况，儿子因继承房屋而可以继续使用该宅基地，但这种使用权是以房屋的存在为前提，且一般不能对房屋进行翻建、扩建，待房屋自然灭失后，宅基地由村集体收回。
- 如果或若存在房屋尚未建成或已完全倒塌、灭失的情况，由于没有可继承的房屋，儿子作为非本集体经济组织成员（非农户），不能单独继承或取得宅基地的使用权，该宅基地通常由村集体收回。
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您提到的这种情况，即父亲去世，儿子是非农户且与父亲不在同一户口本，继承农村宅基地上的房子，可能会面临以下法律风险点：
1. 房屋灭失后宅基地被村集体收回的风险：如果出现儿子继承房屋后，长期不对房屋进行维护和修缮，导致房屋因年久失修而自然倒塌，或者因意外损毁（如火灾、地震等）而灭失的话，由于儿子是非农户，不是本集体经济组织成员，此时他将无法再继续使用该宅基地，村集体有权依法收回该宅基地。
2. 因继承纠纷引发的诉讼风险：如果出现父亲去世前未留下有效遗嘱，且除了儿子之外还有其他法定继承人（如父亲的其他子女、父亲的父母等），而这些继承人对房屋的继承份额、由谁实际占有使用等问题存在争议，无法协商一致的话，儿子可能需要通过诉讼途径来确认自己的继承权和继承份额，这会耗费时间和精力，也可能影响家庭关系。
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在处理父亲去世后农村宅基地及房屋的继承问题时，儿子作为非农户且与父亲不在同一户口本，有些常见的错误操作需要避免：
1. 错误：认为非农户完全不能继承，直接放弃继承或任由房屋闲置倒塌：这是对法律和政策的误解。非农户虽然不能继承宅基地使用权，但对地上房屋的继承权是受法律保护的。放弃继承或任由房屋倒塌，会直接导致失去对宅基地的继续使用权，造成不必要的损失。
2. 错误：未经批准擅自对房屋进行大规模翻建、扩建或重建：儿子基于继承房屋获得的宅基地使用权是附条件的，通常仅限于维持房屋的基本使用。非本集体经济组织成员（非农户）未经村集体和土地管理部门批准，擅自对房屋进行翻建、扩建，可能被认定为违法建设，面临房屋被拆除或罚款的风险。
3. 错误：忽视与村集体的沟通，认为继承房屋后就万事大吉：农村宅基地的所有权属于村集体，及时与村委会沟通继承情况，了解村集体对这类情况的具体管理规定和要求，有助于避免后续使用中的不必要麻烦，例如在房屋修缮、宅基地确权等方面获得必要的指导。
如果您对哪些行为属于“合理修缮”、“大规模翻建”的界限把握不准，或者在与村集体沟通中遇到困难，建议您进一步向律师进行咨询。

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